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Orientierungsdefinition in RING. Die Stapelinteraktionen übernehmen parallele (P), normale (N), seitliche (L), geneigte Kanten-zu-Flächen(T-EF) und geneigte Face-to-Edge-Ausrichtungen (T-FE). Die Orientierung in den Interaktionen zwischen dem Begriff , und der Kation wird nur für Kontakte mit Arginin bereitgestellt und beschreibt die Guanidin-Ebene-Positionierung relativ zum Partnerring und ist auf P-, L- und N-Konformationen beschränkt. RING generiert ein Interaktionsnetzwerk in zwei Schritten. Zunächst wird eine Liste von Rückstands-Rückstandspaaren (Rückstands-Ligand oder Liganden) identifiziert, die für eine Wechselwirkung auf der Grundlage von All-Atom-Entfernungsmessungen in Frage kommen. Kontakte werden dann durch die Identifizierung bestimmter Interaktionstypen charakterisiert. Interaktionen werden nach Position sortiert, ohne dass Wiederholungen und der Index des Quellknotens (erste Spalte) immer niedriger als das Ziel ist. Mehrere Wechselwirkungen, die zwischen dem gleichen Rückstandspaar auftreten, d.h. mit verschiedenen Atomen, werden nach Energie und Entfernung sortiert. In diesem Fall kann der Benutzer wählen, alle Interaktionen zu empfangen, nur die erste (d. h. die energetischste) oder nur eine Interaktion für jeden Typ.

Die Sortierung ist sehr hilfreich für die manuelle Inspektion der Kanten. Die Komplexität des Algorithmus ist quadratisch, abhängig von der Proteingröße (Anzahl der Atome). Als Worst-Case-Beispiel dauert die gesamte Berechnung (ca. 5 Milliarden Vergleiche) für 100 000 Atome, die über 42 Ketten verteilt sind (PDB-ID: 4V6), 18 min (12 für das Suchen von Kontakten und 6 zum Sortieren/Filtern) auf einem Standard-Laptop. Cyclin-abhängige Kinase-Inhibitoren (CDK)-Inhibitoren spielen eine zentrale Rolle bei der Regulierung von eukaryotischen Zellzyklen (16,36). Ein häufiges Ereignis während der malignen Krebsprogression ist die Deregulierung von Zellzyklusphasenübergängen aufgrund von Mutationen, die häufig die Kinase-Inhibitoraktivität inaktivieren. p27Kip, ein Mitglied der Kip/Cip-Proteinfamilie, ist dafür bekannt, als Tumorsuppressorprotein zu fungieren (37). Es ist ein intrinsisch gestörtes Protein (38), dem ein hydrophober Kern fehlt, der durch aufeinander folgende sekundäre Strukturelemente gekennzeichnet ist, die nicht miteinander interagieren.

Diese erweiterte Konformation wird verwendet, um eine relativ große Kontaktfläche zu bilden, die mehrere Arten von Interaktionen mit ihren Bindungspartnern ermöglicht (39). Hier haben wir RING 2.0 verwendet, um die Kristallstruktur von p27Kip zu analysieren, die an den cyclinA-Cdk2-Komplex gebunden ist (PDB-Code: 1JSU) und zu zeigen, wie der Webserver verwendet werden kann, um Informationen einfach aus einer Kristallstruktur abzurufen. Die erzeugte RIN, die drei verschiedene Ketten abdeckt, hat insgesamt 510 Knoten und 722 Kanten (siehe Abbildung 3). In der ersten Platte (obere linke Ecke) werden Knoten durch Ketten eingefärbt, und sowohl die Interaktionslinien von , und die ionischen Interaktionslinien sind dicker. Die visuelle Inspektion ergab sowohl intra- als auch inter-chain-Cluster von Interaktionen zwischen den Beiden. Ein Cluster (blauer Kreis in der Abbildung) stellt die Rückstände dar, die die p27Kip-Cdk2-Ketten verbinden. Der Inhibitor verwendet einen -Strang, um ein Blatt Von Cdk2 zu klemmen. Diese spezifische Wechselwirkung induziert einen Strukturwandel, der zur Kinase-Inaktivierung beiträgt.

Eine ähnliche Clusterdarstellung wurde auch für das p27 Kip LGF Bindungsmotiv erzeugt. Es liegt in einer flachen Nut von CyclinA, die durch die Helices der Cyclin-Box-Wiederholung (roter Kreis in der Abbildung) gebildet wird. Ring 2.0 hebt wichtige Wechselwirkungen auf einen Blick hervor und ermöglicht eine schnelle und nützliche Erkennung von Funktionsrückständen. Die drei Einfügungen in Abbildung 3 heben andere Diagrammdarstellungen hervor. Gegenseitige Information, Konservierung (Entropie) und Knotengrad werden im Uhrzeigersinn von der rechten oberen Ecke angezeigt.